Le Moulin près de la source du ruisseau du village, dont l’origine plonge au XIIe siècle, a cessé de fonctionner au XIXe siècle, de même qu’un second moulin construit vers 1850 sur le ruisseau d’Etouvans.
Une petite filature de laine et teinturerie (8 ouvriers) fonctionna de 1857 à1876 dans le village et une tuilerie du début du siècle à 1878, mais de durée éphémère, disparut en 1882.
Une scierie à vapeur pour les grumes dura plus longtemps, de 1860 à 1881 et fut alors transportée dans un moulin d’Etouvans.
Une autre scierie mue par le Doubs avait été édifiée en 1865 par l’usine de filature de laine.
Mais la grande affaire fut l’édification par la maison Méquillet-Noblot d’Héricourt de deux usines entre canal et Doubs : un tissage mécanique en 1860 et une filature de coton en 1864.
Ces deux fabriques, installées à la place du Moulin Rayot (an 5), utilisaient, par un barrage, l’eau du Doubs.
Les 300 ouvriers employés venaient de Lougres et de Colombier et ces usines sont responsables de la reprise démographique du village.
Une première turbine fut construite en 1858, une seconde en 1863 et la filature avait 10.000 broches et 200 métiers, la troisième turbine datait de 1868 et permit d’atteindre 14.4.00 broches et 255 métiers mécaniques. En 1875, les trois filatures employaient 223 ouvriers.
Un incendie en 1906 ravagea l’usine, elle fut reconstruite et continua sa production, mais fut rapidement, après 1945, soumise à la crise de l’industrie textile française, victime de son éparpillement et de la vétusté de son matériel.
La firme (regroupée dans la société Unilor) dut cesser toute activité dans ses fabriques d’Héricourt et Chevret en 1965. Seule l’usine de Colombier-Fontaine avec encore 140 ouvriers et un matériel plus moderne continua pendant quelques années avant de fermer à son tour. En 1971, il n’y avait plus d’industrie textile à Colombier.
A côté des artisans traditionnels, et de trois petites entreprises de 10 à 20 emplois (société de viande en gros, constructions mécaniques et scierie-exploitation forestière), il ne restait à Colombier-Fontaine que deux firmes importantes : la Société Acierie et fonderie de l'Est déjà mentionnée, en 1915, l'actuelle SMC Colombier-Fontaine, et les établissement Baumann fondés en 1901, spécialisés dans la fabrication de meubles en bois courbés racheté depuis l’année 2001.
Cette société faisait partie des industries importantes de la région, avec un nombre de salariés qui, en 1981, dépassait les 500.
Ce nombre est aujourd’hui descendu au-dessous de cette limite et bien des habitants de Colombier-Fontaine ont dû aller trouver à l’extérieur (Bart-Sochaux) le travail qui n’existe plus sur place.
Cependant l’on continue à habiter Colombier ; depuis 1960, on a pu recenser la construction dans de nouveaux lotissements (rue du stade, route d’Écot, en coteau...) de 132 pavillons et de 60 logements collectifs.
Le Moulin Rayot et l'usine textile
Plusieurs initiatives à l'échelle locale sont en place pour consommer local
Documentation sur les fonds de soutien à l’installation de commerces ruraux
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