Au XIIe siècle, en 1177, le patronage de l’église de Colombier-Fontaine et celui de la chapelle de Villars-sous-Ecot, avait été confirmé par une charte au prieuré de Lanthenans. La paroisse de Colombier est donc antérieure à cette date, c’est une des plus anciennes du pays. Sa trace ensuite disparaît et on ne sait pas pourquoi le prieuré perdit ses droits de patronage. Mais en 1316, ils appartenaient à deux frères, Girard et Jacques de Guemouhans du diocèse de Lausanne (en Suisse), qui avaient acquis en 1304 la seigneurie de Dampierre sur le Doubs. Ils avaient également le patronage des églises voisines de Dampierre et de Lougres, et celui des églises de Roches-lès-Blamont et de Montécheroux. Ces deux personnages firent donation de ces droits de patronage à Agnès de Châtelvilain veuve de Thiébaud IV de Neufchâtel, et à son fils Thiébaud V. En 1351, Thiébaud VI, fils du précédent, accorda à l’hôpital de Blamont qu’il avait fondé, le patronage de toutes ces églises avec leurs revenus. Cet hôpital fut alors le collateur de Colombier-Fontaine jusqu’à la Réforme en 1565. A la fin d’août 1565, le curé de Colombier, Thiébaud Tendant, fut renvoyé par les autorités du comté de Montbéliard sans opposition des habitants. Toute la seigneurie du Châtelot, avec celle d’Héricourt et de Clémont, passa alors à la Réforme, organisée par l’ordonnance ecclésiastique de 1559 et les princes, tuteurs du jeune comte Frédéric. Colombier-Fontaine fut un des six villages et une filiale de la paroisse de Saint-Maurice. L’église fut transformée en temple. Villars-sous-Ecot, du ressort de la seigneurie de Neufchâtel n’embrassa pas la Réforme et fut détaché de Colombier-Fontaine. Par contre les, quelques sujets montbéliardais du village mi-parti d’Etouvans, invités en 1562 à devenir protestant, furent rattachés d’autorité en 1565 à la communauté de Colombier-Savoureux.
Très rapidement il apparut au Conseil de Régence de Montbéliard que le pasteur de Saint-Maurice ne pouvait pas suffire à la tâche pour célébrer le culte et les sacrements dans trois églises pour six villages : à Saint-Maurice, à Blussans et à Colombier-Fontaine. Pour y remédier, on créa une paroisse à Colombier-Fontaine qui reçut, en 1581, son premier pasteur, Claude Debout, ancien maître d’école à Saint-Maurice : on le logea dans l’ancien presbytère. De 1581 à 1636, 24 ministres se succédèrent, mais leurs ministères furent brefs de 2 ans et 4 mois seulement.
La paroisse était très petite et le pasteur fut considéré comme un ministre adjoint ou diacre ; il ne touchait qu’un demi-gage, cela explique sans doute la faible durée de leurs ministères. Nommés ailleurs, ils devenaient pasteurs à gage entier. Ce sont les désordres de la guerre, en 1636, qui, en anéantissant le village, chassèrent le dernier pasteur Pierre Tuefferd. Alors, Colombier-Fontaine redevint une filiale de Saint-Maurice jusqu’en 1845, mais avec une éclipse de 1700 à 1790. C’est encore en 1636 que les derniers sujets montbéliardais d’Etouvans retournèrent au catholicisme.
La situation religieuse restait tendue avec la Franche-Comté, ainsi en 1667, un habitant du village, Nicolas Beucler fut pris, moissonnant à Etouvans, emmené à Dole, incarcéré, jugé, et fut condamné à mort et exécuté pour avoir refusé d’abjurer. Mais c’est la conquête française de 1676 qui entraîna le plus de péripéties dans le village. Comme dans tout le pays, les troupes de Louis XIV s’installèrent à Colombier-Fontaine. L’occupation dura 21 années, mais le culte pouvait être célébré à Saint-Maurice et sur place. En 1697, au traité de Ryswick, une clause de l’acte prévoyait la restitution intégrale de la seigneurie du Châtelot au prince Georges II de Montbéliard avec toutes ses autres terres et son comté. Le traité fut parjuré par Louis XIV qui fit réoccuper militairement les quatre seigneuries en 1700. Le roi ordonna la prise des trois églises paroissiales à Blussans, Saint-Maurice et Colombier-Fontaine avec un envoi des dragons, le 15 avril 1700, dans les villages du Châtelot. L’église de Colombier fut prise le 20 juin 1700. Un curé royal remplaça le pasteur à Saint-Maurice, il fut chargé de dire la messe à Saint-Maurice et Colombier-Châtelot et de temps à autre à Colombier-Fontaine où il n’y avait aucun catholique. Alors commença, pour les luthériens de la paroisse, le temps des persécutions larvées, sournoises ou violentes. On ne pouvait les contraindre à abjurer parce qu’ils étaient de la confession d’Augsbourg et protégés par le traité de Westphalie, mais on pouvait leur rendre la vie intenable par l’interdiction de toute assemblée cultuelle dans leur temple reconverti et par l’interdiction d’utiliser leur cimetière. Les paysans de Colombier-Fontaine allèrent d’abord au temple de Lougres, là se faisaient tous les actes du culte : baptêmes, mariages, enterrements, mais il fallait franchir périlleusement le Doubs en barque car il n’y avait pas de pont. Quand le temple de Lougres leur fut ensuite interdit en 1744, ils durent aller dans le temple de Bavans qui était dans le comté de Montbéliard et par conséquent intouchable par le roi de France. Ils gardèrent seulement le droit au cimetière de Lougres jusqu’en 1790 et où seul le régent d’école du lieu pouvait dire les prières liturgiques des obsèques.
Outre cela, le village se vit priver de la présence d’un instituteur luthérien. Par une déclaration abusive du 14 octobre 1733, l’intendant interdit le culte, expulsa les régents d’école avec défense aux habitants : ... «de se permettre de bouche ou par écrit aucune comparaison de leur état actuel avec celui des protestants d’Alsace qui sont autorisés par les traités de paix …»Une tentative de rétablissement d’un maître en 1748, à la suite de la convention de Versailles, échoua devant l’hostilité du parlement et de l’intendant de Franche-Comté. Il y avait 24 catholiques et 204 luthériens en 1750 à Colombier.
C’est une loi de l’Assemblée Nationale de septembre 1790 qui restitua aux luthériens des Quatre-Terres ce qui leur avait été pris : les temples, les cimetières et les presbytères. Par mauvais vouloir, les fonctionnaires du département du Doubs firent encore traîner durant deux années la restitution légalement ordonnée. L’église de Colombier-Fontaine redevint un temple le dimanche 6 mai 1792 et le cimetière attenant fut remis aux habitants. Mais la réorganisation paroissiale ne put s’effectuer qu’avec le décret impérial du 18 octobre 1804 ; Colombier fut à nouveau rattaché à Saint-Maurice dans le cadre de l’inspection ecclésiastique de Montbéliard et du Directoire de l’Église de la confession d’Augsbourg siégeant à Strasbourg.
La population ayant beaucoup augmenté, la demande d’une création de paroisse aboutit et une ordonnance du roi Louis-Philippe (favorable aux protestants avec Guizot) le 14 février 1845, détacha Colombier de Saint-Maurice pour former une nouvelle paroisse. Le pasteur Alexandre-jules Abry prit son ministère le 21 mai 1846, il logea d’abord à l’école puis dans le presbytère érigé entre 1849 et 1850, il resta jusqu’en 1863 à Colombier. Il fut remplacé par le pasteur Henri Wuillamier en 1864 qui desservit la paroisse jusqu’à la séparation des Églises et de l’État. Colombier-Fontaine fut alors rattaché à Voujeaucourt. Depuis quelques années, Colombier-Fontaine fait partie de la grande paroisse du Châtelot dans le Consistoire de Saint-Julien.
Dès 1790, les protestants retrouvèrent leur instituteur. Une maison d’école fut aménagée jusqu’en 1821. Elle fut reconstruite au même lieu, et surélevée d’un étage en 1844. L’enseignement était donné par un maître aux enfants des deux sexes de plus en plus nombreux, avec un adjoint en 1880. Avec les lois laïques, on édifia une école pour les filles au milieu du village entre 1882 et 1883. Il y eut dès lors deux maîtres à Colombier pour les garçons et les filles. En 1905, à la séparation des Églises de l’État, la commune eut le presbytère, celui-ci fut transformé en école. Un nouveau presbytère protestant fut acheté en 1932 et demeure aujourd’hui propriété de 1’Eglise évangélique luthérienne.
L’église de Colombier-Fontaine était très ancienne. Elle fut reconstruite après la guerre de Trente Ans sous le règne de Georges II. En 1701, sur la demande du curé de Saint-Maurice, les paroissiens durent y construire un chœur alors qu’ils avaient perdu l’usage de l’édifice. Ce chœur fut détruit en 1819 pour agrandir la nef, d’autres réparations eurent encore lieu en 1856 (le beffroi de la tour), puis en 1869 et 1923. Avec son clocher-porche, nef rectangulaire et ses baies en plein-cintre, le temple est un sanctuaire d’une grande simplicité, il est semblable à celui de beaucoup de paroisses du Pays.
Une inscription latine sur une pierre tombale prouve aussi qu’un curé fut inhumé au XVIIIe siècle dans le sanctuaire.
La nouvelle paroisse catholique. —Le nombre des catholiques augmenta surtout au XIXe siècle après la construction du canal (1824), du chemin de fer (1858) et des usines Méquillet-Noblot (1863). D’abord desservis par Etouvans et dans le cadre de la paroisse de Dampierre-sur-le-Doubs, les fidèles de Colombier pensèrent peu à peu à la création d’une nouvelle paroisse dans le village. L’idée prit corps et une église néo-gothique fut d’abord édifiée en 1930, entre le canal et le Doubs, elle est dédiée à saint Jean l’Évangéliste. Elle fut batie à l'initiative de la famille Maître. Elle a été inaugurée par Monseigneur le Cardinal Binet. La paroisse fut organisée ensuite en 1937 (le 13 octobre), avec une annexe à Lougres où depuis 1961 fut aussi construite une chapelle.
Le Temple protestant
L'Eglise catholique